Родился в татарско-русской семье в Москве. Отец, профессиональный охотник — Шакуров Каюм Туффитович. Мать — Щеглова Ольга Сергеевна, тётя советского художника-карикатуриста Щеглова.

В десять лет Сергей занялся акробатикой, став впоследствии мастером спорта. В седьмом классе поступил в драмкружок. После окончания школы, в 1961 году, по рекомендации известного драматурга Виктора Розова, Сергей Шакуров поступил в школу-студию при Центральном детском театре.

В 1964 году окончив школу-студию, молодой актёр начал работать в Театре на Малой Бронной, а через год его приняли в труппу Центрального академического театра Советской Армии. Ушёл из театра вместе с Л. Е. Хейфецем в Малый театр после закрытия спектакля «Два товарища» по Владимиру Войновичу, но принят не был.

С 1971 года Сергей Шакуров работал в драматическом театре им. К. С. Станиславского. Сейчас актёр МТЮЗа.

В кино Сергей Шакуров дебютировал в 1966 году, снявшись сразу в главной роли в фильме Маноса Захариаса «Я солдат, мама». Он сыграл Пегакова — упрямого и не поддающегося дисциплине новобранца, с которым сталкивается опытный старшина (Валентин Зубков).

Среди последних работ актера: картина «Дикарка», поставленная по классическому материалу Островского, фильм Дмитрия Месхиева «Дневник камикадзе» и биографический сериал Сергея Снежкина «Брежнев». Роль Леонида Ильича Брежнева стоит отметить особо. На неё пробовались двадцать артистов. Вячеслав Шалевич, Богдан Ступка, Родион Нахапетов, даже Стоянов из «Городка»… Поскольку картина была проектом Первого канала, утверждением занимался лично Константин Эрнст. В результате были утверждены Артур Ваха и Сергей Шакуров, которые сыграли Брежнева в разные периоды его жизни. Серьезного портретного грима не понадобилось.

Поскольку Леонид Ильич был выше Шакурова и плотнее телосложением, актеру пришлось использовать специальные туфли с каблуком в пять сантиметров и носить специальный ватный каркас, который имитировал грудь и живот. Главным же оказался не грим и не прочие приспособления, а искусство актера. Обладая удивительной способностью перевоплощения, Сергей Шакуров создал образ старого, измученного болезнью и интригами человека.

Становился членом жюри Высшей лиги КВН.

09 мая 2005 года выступал на концерте на Красной площади с песней «От героев былых времён»

12 июня 2015 года выступил на праздничном концерте «От Руси до России» в Москве на Красной площади.


Семья

• Отец — Каюм Туффитович Шакуров, профессиональный охотник
• Мать — Ольга Сергеевна Шакурова (Щеглова)
• Первая жена — Наталья Оленева, актриса Центрального детского театра (ныне РАМТ)
  

Сын Иван (1969 г. р.)
Внучка Елена
Внучка Мария
Внук Иван

• Вторая жена — Татьяна Кочемасова, актриса

Дочь Ольга (1986 г. р.)
Внук Михаил
Внучка Анастасия

• Третья жена — Екатерина Михайловна Шакурова (Бабалова), театральный продюсер

Сын Марат (2004 г. р.)