Сюжет разворачивается с окончания фильма 1998 года — Годзилла на Брукленском мосту убита ракетами, выпущенными из истребителей. Доктор Нико Таттопулос предупреждает военных о том, что несколько яиц, отложенных Годзиллой могли уцелеть. Одно яйцо уцелело и из которого вылупляется детёныш. Маленький Зилла быстро растёт и достигает крупных размеров, став потенциальным оружием против других мутантов подробнее

На Землю прибывают пришельцы. Намерения пришельцев не самые доброжелательные, в контакт они вступать не спешат. Их летающие тарелки оказываются прекрасно защищены от всех видов оружия, известных человечеству. Благодаря специальному защитному полю, даже ядерный взрыв не может причинить вред летающим тарелкам. Единственная возможность противостоять пришельцам – отключить защитное поле, которым окружены их летающие тарелки. Для этого на главный корабль пришельцев нужно запустить специально для этого написанный компьютерный вирус.  подробнее