Сюжет разворачивается с окончания фильма 1998 года — Годзилла на Брукленском мосту убита ракетами, выпущенными из истребителей. Доктор Нико Таттопулос предупреждает военных о том, что несколько яиц, отложенных Годзиллой могли уцелеть. Одно яйцо уцелело и из которого вылупляется детёныш. Маленький Зилла быстро растёт и достигает крупных размеров, став потенциальным оружием против других мутантов подробнее