В 1990 году Гарнер окончила школу имени Джорджа Вашингтона в Чарлстоне и поступила в университет Денисона, чтобы изучать химию.

Её мать - Патрисия Энн Инглиш — учительница, а отец - Билли Джек Гарнер — инженер-химик; у Дженнифер есть две сестры: Меллиса Гарнер-Уайли и Сюзанна Гарнер-Карпентер.

У Дженнифер трое детей: дочери Вайолет Энн Аффлек (01.12.05) и Серафина Роуз Элизабет Аффлек (06.01.09), а также сын Сэмюэль Гарнер Аффлек (27.02.2012).

В три года Гарнер начала брать уроки балета, которым занималась на протяжении всего детства. И хотя ей, по её собственным словам, и нравилось танцевать, она никогда не думала о том, чтобы стать классической балериной.

Известно, что Гарнер сама исполняет трюки, так в январе 2005 года она пропустила часть рекламных акций фильма «Электра», поскольку повредила спину на съёмках сериала «Шпионка».

Полное имя - Дженнифер Энн Гарнер.

Во время церемонии вручения премии «Оскар» в 2006 году Гарнер споткнулась, выходя на сцену для вручения приза за лучшие звуковые эффекты. Она не упала, но потеряла равновесие, после чего шутливо прокомментировала: «Я сама исполняю все свои трюки!».