На повестке дня доктор «Эггман» Роботник возвращается на землю в компании нового злодея – Ехидны. Их цель – отомстить Сонику и забрать таинственную силу Мастера Изумруда. Вторая сюжетная линия Том Ваковски на свадьбе невестки. Две линии сталкиваются, когда Соник со своим новым другом Майлзом Пауэром телепортируется к Тому, чтобы сбежать от роботов-порталов Эггмана. И в итоге троица оказывается схвачена командиром Уолтерсом и его агентами GUN.

Главных героев спасает жена Тома до того, как Роботник успевает найти храм с изумрудом. По итогу Соник перебегает океан, чтобы добраться к ним. Затем следует драка между пушистиками, в то время, как Роботник успевает забрать изумруд, чтобы захватить мир. Соник и Наклз наконец объединяются, их подбирает на биплане Тейлз, и главные герои отправляются в Зеленые холмы, чтобы вернуть изумруд. Вот только они не могут уничтожить меха-версию Эггмана, после чего решают разделиться и обмануть того, чтобы он разрушил себя.

Забавно, что на протяжении всей истории Соник называет себя «пахом» в слабом месте Эггмана, тем самым напоминая поклонникам персонажа из 90-х, что он считает себя придурком. Итак, желтый пушистый комок кладет конец меха-версии Эггмана с помощью Изумрудов Хаоса, прежде чем вернуть себе обычный вид, а усатого сумасшедшего ждет верная гибель. Наклз снова может собирать изумруды, а Тейлз и Соником приходят к соглашению – вместе защищать изумруды от любых угроз.