1999 год. На Землю падает огромный метеорит, оказавшийся инопланетным космическим кораблем. Чтобы быть готовыми к появлению его хозяев, земляне начинают изучать и восстанавливать системы корабля. Однако явившиеся пришельцы оказываются не владельцами корабля (названного «Макросс»), а их древними врагами. Главная пушка «Макросса» автоматически стреляет — и начинается война землян и инопланетян — гигантов Зентреди.

Несмотря на гигантский рост и совершенное знание военного искусства, Зентреди исключительно уязвимы — им незнакомы понятия «культура» и «любовь», и простая романтическая песня оказывается более мощным оружием, чем все боевые роботы экипажа «Макросса». На фоне войны развивается любовный треугольник главных героев — пилота Ичидзё Хикару, его начальницы, капитана Хаясэ Мисы, и начинающей поп-исполнительницы Линн Минмэй.