Много тысяч лет назад сражались Чёрный Бог и Белый Бог. Последний проиграл и не желая отдавать свою силу врагу, послал её сквозь время в наши дни, решив даровать её людям, чтобы они могли победить в будущем Чёрного Бога. Сила Белого Бога поделилась между большой группой людей на пароме, попавшем в шторм. Обладателем главной доли сил оказался парень, потерявший во время крушения парома память - Шоичи Тсугами, который может теперь превращаться в Камен Райдера Агито. Одновременно Чёрный Бог начинает посылать эмиссаров - монстров Неизвестных, чтобы убить всех, кто носит в себе частицу силы Белого Бога. Полиция использует для борьбы с Неизвестными супер-костюм, который был назван Камен Райдер G-3. Ещё один носитель силы Белого Бога вскоре становится Камен Райдером Джиллсом. Теперь трём Райдерам придётся сражаться с Неизвестными и друг с другом, чтобы разгадать великое множество загадок - кто направляет Неизвестных, что скрывает память Шоичи, откуда взялась их сила.