Прошел год после битвы Годзиллы с Механической Годзиллой. И вот новое предупреждение: японцы должны вернуть океану все, что они сохранили от первого нашествия Годзиллы. И кости, и органические ткани, - абсолютно все, вплоть до молекул ДНК, необходимо отправить в бездну вод, чтобы получить шанс на спокойную жизнь. Предупреждение это исходит от другого легендарного монстра - от Мотры, которая всегда была лютым врагом Годзиллы. И Годзилла не заставляет себя долго ждать: чудовище выходит из моря, чтобы сразиться с Мотрой и Меха-Годзиллой...

• Это последний фильм, в котором фигурирует Мехагодзилла (Кирю). Его также можно увидеть в заставке следующего фильма «Годзилла: Финальные войны» (2004).
• Две личинки Мотры в одном яйце заимствованы из фильма «Годзилла против Мотры» (1964).
• Это двадцать седьмой фильм о Годзилле, двенадцатый фильм о Мотре, пятый о Мехагодзилле (Кирю) и второй фильм с участием Камебаса, а также единственный фильм в Миллениум-серии фильмов о Годзилле, сюжет которого связан с другим фильмом Миллениум-серии.
• Заново восстановленный и вновь уничтоженный Кирью является отсылкой к «Террор Мехагодзиллы» (1975).